Volume 6 contains the three collections that Bach himself took to the printer: the Dritter Teil der Clavier-Übung was published in 1739; the Sechs Choräle von verschiedener Art ("Schübler-Choräle") and the Canonische Veränderungen über “Vom Himmel hoch” were released in separate editions most likely in 1747/48. None of these collections had from the start the appearance which the composer considered as valid in the end. For this reason, Werner Breig focuses in particular on questions of origin in his introduction. Fundamental findings on the genesis of the "Clavier-Übung III" were made only after the publication of the work in the "Neue Bach-Ausgabe." The basically unproblematic state of the sources means that this volume contains no supplementary material online. It was, however, considered editorially necessary to print the Canonische Veränderungen BWV 769 in three versions: as a facsimile of the original print, in a practical arrangement, and in the autograph version (BWV 769a).

1 Praeludium pro Organo pleno BWV 552/1
2 Kyrie, Gott Vater in Ewigkeit BWV 669
3 Christe, aller Welt Trost BWV 670
4 Kyrie, Gott heiliger Geist BWV 671
5 Kyrie, Gott Vater in Ewigkeit BWV 672
6 Christe, aller Welt Trost BWV 673
7 Kyrie, Gott heiliger Geist BWV 674
8 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 675
9 Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 676
10 Fughetta super Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 677
11 Dies sind die heilgen zehen Gebot BWV 678
12 Fughetta super Dies sind die heiligen zehen Gebot BWV 679
13 Wir gläuben all an einen Gott BWV 680
14 Fughetta super Wir gläuben all an einen Gott BWV 681
15 Vater unser im Himmelreich BWV 682
16 Vater unser im Himmelreich BWV 683
17 Christ unser Herr zum Jordan kam BWV 684
18 Christ unser Herr zum Jordan kam BWV 685
19 Aus tiefer Not schrei ich zu dir BWV 686
20 Aus tiefer Not schrei ich zu dir BWV 687
21 Jesus Christus, unser Heiland BWV 688
22 Fuga super Jesus Christus, unser Heiland BWV 689
23 Duetto I BWV 802
24 Duetto II BWV 803
25 Duetto III BWV 804
26 Duetto IV BWV 805
27 Fuga pro Organo pleno BWV 552/2
28 Wachet auf, ruft uns die Stimme BWV 645 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 1)
29 Wo soll ich fliehen hin oder Auf meinen lieben Gott BWV 646 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 2)
30 Wer nur den lieben Gott lässt walten BWV 647 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 3)
31 Meine Seele erhebt den Herren BWV 648 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 4)
32 Ach bleib bei uns, Herr Jesu Christ BWV 649 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 5)
33 Kommst du nun, Jesu, vom Himmel herunter BWV 650 (Choräle von verschiedener Art / „Schübler-Choräle“, Nr. 6)
34 Einige canonische Veränderungen über „Vom Himmel hoch, da komm ich her“ BWV 769 (Faksimile des Originaldrucks / Fassung des Originaldrucks in spielpraktischer Einrichtung / Fassung des Autographs BWV 769a)